1、源于子姓，出自商王朝王族之后裔，属于以先祖名字为氏。
祖氏家族的得姓历史至少在三千三百年以上。在祖己（祖伊）的后裔子孙中，有取先祖名字为姓氏者，称祖氏，世代相传至今，祖氏最初是发祥于涿郡，是非常古早的姓氏之一。
2、源于蒙古族，属于汉化改姓为氏。
在明朝时期，有蒙古族各根义召日氏族人取姓氏的汉义改冠汉姓为祖氏者，世代相传至今。
3、源于满族，属于汉化改姓为氏。
满族萨克达氏，本称巴雅拉氏，后改以地名为氏。满族组佳氏，满语为Jugiya Hala，祖先原为汉族，东汉末期被辽东鲜卑乌桓部虏携，融入鲜卑，后逐渐演化为辽东女真，世居铁岭（今辽宁铁岭），后多冠汉姓为祖氏。
4、源于其他少数民族，属于汉化改姓为氏。
今彝族、东乡族、傣族、苗族等少数民族中，均有祖氏族人分布，其来源大多是在唐、宋、元、明、清时期中央政府推行的羁糜政策及改土归流运动中，流改为汉姓□氏，世代相传至今。

宋朝时期，祖姓人口稀少，主要分布在河南。
明朝时期，祖姓大约有37000人，主要分布于浙江、江西、陕西、江苏等地。
祖姓用户的籍贯地域主要分布在黑龙江省 (占比 11.7%) 、江苏省 (占比 10.4%) 、安徽省 (占比 9.1%) 等地。祖姓用户的民族主要有汉族 (占比 90.7%) 、维吾尔族 (占比 5.3%) 等。